அதன் பின்னர் அவரை தூத்துக்குடியில் உள்ள மாவட்ட எஸ்பி அலுவலகத்திற்கு அழைத்துச் சென்று அவர் மீது தூத்துக்குடி மாவட்ட குற்றப்பிரிவு போலீசார் பிஎன்எஸ் சட்டப் பிரிவுகள் 351 (3), 352, 353 (2) ஆகிய மூன்று பிரிவுகளில் வழக்குப்பதிவு செய்தனர். இது தொடர்பாக நடைபெற்ற 9 மணிநேர விசாரணைக்கு பின் தூத்துக்குடி அரசு மருத்துவமனைக்கு மருத்துவப் பரிசோதனைக்காக மார்க்கண்டேயனை போலீசார் அழைத்துச் சென்றனர்.
இந்த மருத்துவப் பரிசோதனைக்குப் பின் நீதிபதி சுமதி முன் முன்னிறுத்தப்பட்ட நிலையில் ஜீ.வி. மார்க்கண்டேயனை ஆகஸ்ட் 3ஆம் தேதி வரை நீதிமன்ற காவலில் வைக்க நீதிபதி உத்தரவிட்டார். அதன்படி பாளையங்கோட்டை சிறையில் திமுக எம்.எல்.ஏ மார்க்கண்டேயன் அடைக்கப்பட்டார். முன்னதாக போலீசார் தரப்பில் போலீஸ் காவலில் எடுத்து ஜீ.வி.மார்க்கண்டேயனை போலீசார் விசாரிக்க அனுமதி கோரப்பட்ட நிலையில், அதனை மறுத்த நீதிபதி 15 நாட்கள் நீதிமன்ற காவலில் வைக்க உத்தரவிட்டார்.
இந்த நிலையில், எம்.எல்.ஏ மார்கண்டேயனை காவலில் எடுத்து விசாரிப்பதற்கு தூத்துக்குடி குற்றவியல் நடுவர் நீதிமன்றத்தில் போலீசார் மனுத் தாக்கல் செய்திருந்தனர். அதே போல், தனக்கு ஜாமீன் வழங்க வேண்டும் என திமுக எம்.எல்.ஏ மார்கண்டேயனும் அந்த நீதிமன்றத்தில் மனுத் தாக்கல் செய்திருந்தார். இந்த இரண்டு மனு மீதான விசாரணை இன்று (22-07-26) தூத்துக்குடி குற்றவியல் நடுவர் நீதிமன்ற நீதிபதி சுமதி முன்பு வந்தது. இதற்காக பாளையங்கோட்டை சிறையில் அடைக்கப்பட்ட மார்கண்டேயன் தூத்துக்குடி நீதிமன்றத்திற்கு அழைத்து வரப்பட்டு நீதிபதி முன்பு ஆஜர்படுத்தப்பட்டார். அப்போது மார்கண்டேயன் தாக்கல் செய்த மனு மீது விசாரணை நடத்திய நீதிபதி சுமதி, அவரின் ஜாமீன் மனுவை தள்ளுபடி செய்து உத்தரவிட்டார். அதே போல், மார்கண்டேயனை நீதிமன்ற காவலில் எடுத்து விசாரிக்க கோரிய போலீசாரின் மனுவையும் தள்ளுபடி செய்து உத்தரவிட்டார். இந்த உத்தரவால் மார்கண்டேயன் தூத்துக்குடி நீதிமன்றத்தில் இருந்து பாளையங்கோட்டை சிறைக்கு மீண்டும் அழைத்துச் செல்லப்பட்டார்.