இத்தலத்தின் மூலவர், சுந்தரேசுவரர். இவர் சுயம்பு மூர்த்தியாவார். இத்தலத்தின் அம்பாள் (தாயார்) மீனாட்சி அம்மனாவார். இவரது விக்கிரகம், பச்சை மரகதக் கல்லால் ஆனது. அம்பாள் மீனாட்சியின் கருவறையானது, 32 சிங்க உருவங்களும், 64 சிவ கணங்களும், 8 கல்யானைகளும் தாங்கி நிற்கும் அபூர்வமானதாகும்.
இத்தலத்தில் முதல் பூஜை, அம்பிகை மீனாட்சிக்கே செய்யப்படுகிறது. அதன் பின்பே, மூலவரான சிவபெருமானுக்குப் பூஜைகள் செய்யப்படும். இதற்குக் காரணம், மீனாட்சியம்மன் பதிவிரதையாக இருந்து, எப்போதுமே தன்னுடைய கணவருக்குத் தொண்டு செய்ய எண்ணியுள்ளார். அதனால், கணவரை எழுப்பும் முன்பே, மனைவியான அம்பிகை, அபிஷேகத்தினை முடித்துத் தயாராகிறாள். இதனால், காலையில் முதல் பூஜை, மீனாட்சி அம்மனுக்குச் செய்யப்படுவதாக ஐதீகம். இத்தலத்தில் தரப்படுகின்ற பிரசாதமான தாழம்பூ குங்குமம், பிரசித்தி பெற்றதாகும்.
இவ்வளவு சிறப்பு வாய்ந்த மதுரை மீனாட்சி அம்மன் கோவில் கும்பாபிஷேம் வருகிற செப்டம்பர் 17-ம்தேதி விமரிசையாக நடைபெற உள்ளது. இறுதியாக இக்கோவிலில் கடந்த 2009-ஆம் ஆண்டு கும்பாபிஷேகம் நடைபெற்றதைத் தொடர்ந்து, தற்போது 17 ஆண்டுகளுக்குப் பிறகு வரும் 17-ம்தேதி மகா கும்பாபிஷேகம் நடைபெறவுள்ளது.